MTs Sunan Pandanaran telah berdiri sejak tahun 1986 dibawah Yayasan Pondok Pesantren Sunan Pandanaran. Berlokasi di dusun Candi, desa Sardonoharjo, Kecamatan Ngaglik, Kabupaten Sleman, provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Terletak persis berada di kaki Gunung Merapi di jalan Kaliurang km 12,5.
Sejarah berdirinya madrasah tidak dapat dilepaskan dari sejarah berdirinya Pondok Pesantren Sunan Pandanaran pada tahun 1975. Sebelas tahun kemudian (Tahun 1986), didirikan Madrasah Tsanawiyah, tepatnya pada 30 Juni 1986. Status Akreditasi MTs SPA terakhir pada tahun 2021 terakreditasi A.